PCR儀對于樣品溫度控制的能力對于PCR結果的準確性十分重要。儀器特異性的參數如升降溫速度，維持時間以及算法對于預測樣品溫度是關鍵。

　　PCR儀的升降溫速度意味著在一定時間內發生的PCR步驟之間的溫度變化。由于熱量從模塊傳輸至樣品需要一定的時間，樣品實際的升降溫速度會較慢。因此，對于變溫速度的定義需要進行區分和了解。

　　最大或峰值模塊升降溫速度代表在進行升降溫過程中非常小的一段時間內模塊可以達到的最快溫度變化。

　　平均模塊升降溫速度代表在一段更長的時間內溫度變化的速度，對于PCR儀的速度會提供一種更具代表性的測量。

　　最大樣品升降溫速度及平均樣品升降溫速度反映的是樣品實際獲得的溫度。樣品升降溫速度會為PCR儀的性能以及其對于PCR結果的潛在影響提供一種更為準確的比較。

　　當進行PCR儀更換時，推薦使用帶有可模擬之前模式升降溫速度程序的儀器以實現更為簡易的更換并對PCR的重復性產生最小的影響。

　　PCR儀應該被設計成只有樣品達到設置的溫度后才對相應的步驟開始計時。這樣樣品維持在設定溫度的時間，將會與操作流程中要求的相應循環條件保持得更加準確。

　　PCR儀通常會使用復雜的數學算法來確保樣品可按照預設程序快速地達到設置的溫度。根據反應體系的體積以及所使用的PCR塑料耗材的厚度，算法可對樣品的溫度以及達到設置溫度所需的時間進行預測。依靠這些算法，PCR儀在加熱或冷卻的過程中，通常會通過一個叫做熱模塊過沖或下沖的過程讓模塊溫度超出設定值。這樣的設置可以確保樣品盡快達到設定的溫度，而自身不會發生過沖或下沖。